《穿书后我意外攻略了苗疆少年》讲述了现代女孩意外穿越进一本以苗疆风情为背景的小说中，成为女主角之后的奇妙故事。故事发生在神秘而古老的苗疆大地，那里山川秀美，风俗独特，充满了各种民间传说与神秘事件。主人公需要在这个充满挑战与危机的环境中生存，同时逐步揭开苗疆少年的身世秘密。
故事的主线围绕穿越而来的女主与苗疆少年之间的情感纠葛展开。苗疆少年是当地部落的重要成员，性格沉稳神秘，身怀绝技且了解苗疆诸多秘闻。女主最初因为身份和能力的差异与少年产生误会，但随着时间推移，两人互相扶持，攻克难关，感情迅速升温。与此同时，背后的阴谋也逐渐显露，女主凭借现代知识与智慧，与少年共同对抗外敌，保护苗疆家园。
剧情高潮出现在女主发现苗疆少年身世竟与传说中的古老血脉息息相关，这不仅牵动着苗疆部落的未来，也关系到一场涉及整个地区命运的巨大阴谋。最终，女主和苗疆少年携手化解危机，重建苗疆的和平与繁荣。影片以两人坚定的守护和真挚的爱情作为结尾，展现了跨越时空的情感力量和文化传承的珍贵。